تتولى دائرة الرقابة الفنية المهــام الآتيــة:
-تنفيذ أعمال رقابة وتفتيش فنية محددة من خلال خطة عمل سنوية أو طارئة تضعها الإدارة بالاتفاق مع الهيئة المركزية للرقابـة والتفتيش.
-وضع اليد على كل ما يتعلق بالمخالفات الإدارية والمسلكية التي تكتشفها في أثناء أدائها لمهماتها الرقابية والتفتيشية ، وإعلام الإدارة للحصول على الإذن بالتقصي أو التحقيق بها، ووضع اليد على المخالفات والجرائم المرتكبة من قبل العاملين بما فيها الجرائم الواقعة على المال العام، والتحفظ على أدلتها ووقائعها وإعـلام الإدارة والهيئــة بهــا.
-التحقيق بالمخالفات الإدارية والمسلكية ذات الصبغة الفنية، المحالة إليها من الإدارة العامـة.
-التحقيق في المخالفات والجرائم المحالة إليها من إدارة المؤسسة في حدود التفويض القانوني المعطى للرقابة الداخلية.
-التحقيق في المخالفات والجرائم في حدود التفويض المعطى للرقابة الداخلية من الهيئـة.
-التحقيق في كافة القضايا التي تفوضها بها الهيئة أو تكلفها بها الإدارة العامة للمؤسسة.