تتولى دائرة الرقابة الإدارية والمالية المهــام الآتيــة:
-تنفيذ أعمال رقابة وتفتيش إدارية ومالية محددة من خلال خطة عمل سنوية أو طارئة تضعها الإدارة بالاتفـاق مع الهيئة.
-وضع اليد على كل ما يتعلق بالمخالفات الإدارية والمسلكية التي تكتشفها في أثناء أدائها مهماتها الرقابية والتفتيشية وإعلام الإدارة للحصول على الإذن بالتقصي أو التحقيق بها، ووضع اليد على المخالفات والجرائم المرتكبة من قبل العاملين بما فيها الجرائم الواقعة على المـال العام، والتحفظ على أدلتها ووقائعها وإعلام الإدارة والهيئــة بها.
-التحقيق بالمخالفات الإدارية والمسلكية المحالة إليها من الإدارة العامة.
-التحقيق في المخالفات والجرائم في حدود التفويض المعطى للرقابة الداخلية من الهيئة.
-التحقيق في كافة القضايا التي تفوضها بها الهيئة أو تكلفها بها الإدارة العامة للمؤسسة.
وتتألف منشعبة المتابعة